国家税务总局于二○一○年七月二十六日以“国家税务总局公告2010年第4号” 发布《企业重组业务企业所得税管理办法》，该管理办法自2010年1月1日起施行。此管理办法的出台，更加明确了原来业界普遍关注和存在争议的一些关键问题，更好的规范和加强对企业重组业务的企业所得税管理，更有效地贯彻实施企业所得税法及其实施条例，尤其是《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》。按照财税[2009]59号文件规定，符合条件的企业重组可以选择一般性税务处理或特殊性税务处理，不同的处理方式对各方缴纳的企业所得税的影响也是不同的。限于篇幅，本文主要探讨特殊性税务处理方式及管理办法。
国家税务总局于二○一○年七月二十六日以“国家税务总局公告2010年第4号” 发布《企业重组业务企业所得税管理办法》（以下简称“管理办法”），该管理办法自2010年1月1日起施行。公告说，本办法发布时企业已经完成重组业务的，如适用《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）特殊税务处理，企业没有按照本办法要求准备相关资料的，应补备相关资料；需要税务机关确认的，按照本办法要求补充确认。2008、2009年度企业重组业务尚未进行税务处理的，可按本办法处理。财税[2009]59号（以下简称“59号文”）《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》是财政部和国家税务总局为了明确企业重组所得税政策而于2009年4月30日联合出台的，59号文的出台明确了国家对重组税收优惠政策，刺激了企业加快并购重组的步伐，其积极意义不言而喻。接着，国家税务总局于2010年3月就贯彻落实《企业所得税法》过程中出现的若干问题，下发了《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号），该文件就企业所得税多个问题进行了明确，包括债务重组收入确认问题、股权转让所得确认和计算问题、股息红利等权益性投资收益收入确认问题。此次重组业务企业所得税管理办法（税务总局第4号公告）的出台，更加明确了原来业界普遍关注和存在争议的一些关键问题，更好的规范和加强对企业重组业务的企业所得税管理，更有效地贯彻实施企业所得税法及其实施条例，尤其是《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（59号文）。按照财税[2009]59号文件规定，符合条件的企业重组可以选择一般性税务处理或特殊性税务处理，不同的处理方式对各方缴纳的企业所得税的影响也是不同的。限于篇幅，本文主要探讨特殊性税务处理方式及管理办法。
59号文的出台，不仅明确了“企业重组”的概念，同时划分了企业重组的六种主要类型。根据59号文的相关规定，“企业重组”是指企业在日常经营活动以外发生的法律结构或经济结构重大改变的交易，企业重组将分为企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立六种，该六种类型基本上涵盖了资本运作的所有基本形式。其中：
（1）企业法律形式改变，是指企业注册名称、住所以及企业组织形式等的简单改变，但符合本通知规定其他重组的类型除外。
（2）债务重组，是指在债务人发生财务困难的情况下，债权人按照其与债务人达成的书面协议或者法院裁定书，就其债务人的债务作出让步的事项。
（3）股权收购，是指一家企业（以下称为收购企业）购买另一家企业（以下称为被收购企业）的股权，以实现对被收购企业控制的交易。收购企业支付对价的形式包括股权支付、非股权支付或两者的组合。
（4）资产收购，是指一家企业（以下称为受让企业）购买另一家企业（以下称为转让企业）实质经营性资产的交易。受让企业支付对价的形式包括股权支付、非股权支付或两者的组合。
（5）合并，是指一家或多家企业（以下称为被合并企业）将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业（以下称为合并企业），被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以上企业的依法合并。
（6）分立，是指一家企业（以下称为被分立企业）将部分或全部资产分离转让给现存或新设的企业（以下称为分立企业），被分立企业股东换取分立企业的股权或非股权支付，实现企业的依法分立。
据此，《管理办法》明确了重组各方应为企业所得税纳税人，并在其第三条规定，企业发生各类重组业务，其当事各方，按重组类型，分别指以下企业：（1）债务重组中当事各方，指债务人及债权人。（2）股权收购中当事各方，指收购方、转让方及被收购企业。（3）资产收购中当事各方，指转让方、受让方。（4）合并中当事各方，指合并企业、被合并企业及各方股东。（5）分立中当事各方，指分立企业、被分立企业及各方股东。同时，《管理办法》第四条规定，同一重组业务的当事各方应采取一致税务处理原则，即统一按一般性或特殊性税务处理。要求各方取得一致的意见，选择相同的所得税处理方式，再按规定向各自主管税务机关申报纳税或税务备案。
企业重组的税务处理区分不同条件分别适用一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。
一、债务重组的特殊性税务处理
债务重组，债务重组概念中强调了债务人处于财务困难的前提条件，并突出了债权人做出让步的实质内容。债务重组的特殊情况及特殊税务处理：企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：1、具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。2、被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合"财税[2009]59号"通知规定的比例，即：（1）境内股权收购的特殊情况：收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%；（2）境外（境内与境外之间，包括港澳台）股权收购的特殊情况：A、非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权，没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，且转让方非居民企业向主管税务机关书面承诺在3年（含3年）内不转让其拥有受让方非居民企业的股权；B、非居民企业向与其具有100%直接控股关系的居民企业转让其拥有的另一居民企业股权；C、居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股的非居民企业进行投资；（3）境内资产收购适用特殊性税务处理规定的特殊情况如下：受让企业收购的资产不低于转让企业全部资产的75%，且受让企业在该资产收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%；（4）企业合并适用特殊性税务处理的特殊情况：A、企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%；B、同一控制下且不需要支付对价的企业合并；（同一控制，是指参与合并的企业在合并前后均受同一方或相同的多方最终控制，且该控制并非暂时性的。能够对参与合并的企业在合并前后均实施最终控制权的相同多方，是指根据合同或协议的约定，对参与合并企业的财务和经营政策拥有决定控制权的投资者群体。在企业合并前，参与合并各方受最终控制方的控制在12个月以上，企业合并后所形成的主体在最终控制方的控制时间也应达到连续12个月。）（5）企业分立适用特殊性税务处理的特殊情况是：被分立企业所有股东按原持股比例取得分立企业的股权，分立企业和被分立企业均不改变原来的实质经营活动，且被分立企业股东在该企业分立发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%。3、企业重组后的连续12个月内（指自重组日起计算的连续12个月内）不改变重组资产原来的实质性经营活动。4、重组交易对价中涉及股权支付金额符合"财税[2009]59号"通知规定比例。5、企业重组中取得股权支付的原主要股东（指原持有转让企业或被收购企业20%以上股权的股东）在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。“管理办法”第七条规定债务重组以债务重组合同或协议生效日为重组日。特殊税务处理内容如下：
1、企业债务重组确认的应纳税所得额占该企业当年应纳税所得额50%以上，可以在5个纳税年度的期间内，均匀计入各年度的应纳税所得额。债务重组确认的应纳税所得额包括两部分：相关资产所得和债务重组所得。企业应首先测算企业债务重组确认的应纳税所得额是否占当年应纳税所得额50%以上，如果已达到该比例，可分五年平均摊入各年度应纳税所得额中。
管理办法规定，发生债务重组所产生的应纳税所得额占该企业当年应纳税所得额50%以上的，债务重组所得要求在5个纳税年度的期间内，均匀计入各年度应纳税所得额的，应准备以下资料：（1）当事方的债务重组的总体情况说明（如果采取申请确认的，应为企业的申请，下同），情况说明中应包括债务重组的商业目的；（2）当事各方所签订的债务重组合同或协议；（3）债务重组所产生的应纳税所得额、企业当年应纳税所得额情况说明；（4）税务机关要求提供的其他资料证明。
2、企业发生债权转股权业务，对债务清偿和股权投资两项业务暂不确认有关债务清偿所得或损失，股权投资的计税基础以原债权的计税基础确定。企业的其他相关所得税事项保持不变。对债转股业务，59号文明确了暂不确认债务清偿所得或损失，这意味着只要债转股企业未将股份转让，可享受暂免税的优惠政策。该政策的出台将大大降低债转股税收负担，为更多企业债转股交易打开方便之门。管理办法规定，发生债权转股权业务，债务人对债务清偿业务暂不确认所得或损失，债权人对股权投资的计税基础以原债权的计税基础确定，应准备以下资料：（1）当事方的债务重组的总体情况说明。情况说明中应包括债务重组的商业目的；（2）双方所签订的债转股合同或协议；（3）企业所转换的股权公允价格证明；（4）工商部门及有关部门核准相关企业股权变更事项证明材料；（5）税务机关要求提供的其他资料证明。
3、重组交易各方对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）。
企业发生符合59号通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。管理办法规定企业重组业务，符合规定条件并选择特殊性税务处理的，应按规定进行备案；如企业重组各方需要税务机关确认，可以选择由重组主导方向主管税务机关提出申请，层报省税务机关给予确认。采取申请确认的，主导方和其他当事方不在同一省（自治区、市）的，主导方省税务机关应将确认文件抄送其他当事方所在地省税务机关。省税务机关在收到确认申请时，原则上应在当年度企业所得税汇算清缴前完成确认。特殊情况，需要延长的，应将延长理由告知主导方。其中，企业重组主导方，原则确定：债务重组为债务人。企业在备案或提交确认申请时，应从以下方面说明企业重组具有合理的商业目的：（1）重组活动的交易方式。即重组活动采取的具体形式、交易背景、交易时间、在交易之前和之后的运作方式和有关的商业常规；（2）该项交易的形式及实质。即形式上交易所产生的法律权利和责任，也是该项交易的法律后果。另外，交易实际上或商业上产生的最终结果；（3）重组活动给交易各方税务状况带来的可能变化；（4）重组各方从交易中获得的财务状况变化；（5）重组活动是否给交易各方带来了在市场原则下不会产生的异常经济利益或潜在义务；（6）非居民企业参与重组活动的情况。
二、股权收购的特殊性税务处理
股权收购，以转让协议生效且完成股权变更手续日为重组日。
1、境内股权收购的特殊情况：收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，且同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：（1）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；（2）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动；（3）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。股权支付，是指企业重组中购买、换取资产的一方支付的对价中，以本企业或其控股企业的股权、股份作为支付的形式；所称非股权支付，是指以本企业的现金、银行存款、应收款项、本企业或其控股企业股权和股份以外的有价证券、存货、固定资产、其他资产以及承担债务等作为支付的形式。而股份支付必须是本企业或“控股企业”的股权和股份，非本企业和“控股企业”的股权和股份则不符合规定的股权支付。但是，对“控股企业”也存在不同的看法，有的认为母公司为控股企业，有的认为子公司为控股企业。《管理办法》规定，控股企业，是指由本企业直接持有股份的企业。按上述规定分析，不论是以母公司股权还是子公司股权支付，或是其他股权支付，只要是本企业直接持有的企业股权，无论比例，均认可为符合条件的“股权支付”。
特殊性税务处理具体内容如下：（1）被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定；（2）收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定；（3）收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。
重组交易各方对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）
2、境外（境内与境外之间，包括港澳台）股权收购的特殊情况：A、非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权，没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，且转让方非居民企业向主管税务机关书面承诺在3年（含3年）内不转让其拥有受让方非居民企业的股权；B、非居民企业向与其具有100%直接控股关系的居民企业转让其拥有的另一居民企业股权；C、居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股的非居民企业进行投资；境外股权收购除上述特殊情况外，还需同时符合下列条件，才能适用特殊性税务处理规定：（1）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；（2）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动；（3）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。这种情况下的特殊性税务处理内容如下：（1）被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定；（2）收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定；（3）收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。（4）居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股关系的非居民企业进行投资，其资产或股权转让收益如选择特殊性税务处理，可以在10个纳税年度内均匀计入各年度应纳税所得额。
重组交易各方对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）
企业发生符合59号通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业应准备以下资料：（1）当事方的股权收购业务总体情况说明，情况说明中应包括股权收购的商业目的；（2）双方或多方所签订的股权收购业务合同或协议；（3）由评估机构出具的所转让及支付的股权公允价值；（4）证明重组符合特殊性税务处理条件的资料，包括股权比例，支付对价情况，以及12个月内不改变资产原来的实质性经营活动和原主要股东不转让所取得股权的承诺书等；（5）工商等相关部门核准相关企业股权变更事项证明材料；（6）税务机关要求的其他材料。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。
三、资产收购的特殊性税务处理
1、境内资产收购
资产收购，是指一家企业（以下称为受让企业）购买另一家企业（以下称为转让企业）实质经营性资产的交易。境内资产收购适用特殊性税务处理规定的特殊情况如下：受让企业收购的资产不低于转让企业全部资产的75%，且受让企业在该资产收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，同时符合下列条件：（1）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；（2）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动；（3）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。受让企业支付对价的形式包括股权支付、非股权支付或两者的组合。对于其中的“实质经营性资产”存在不同理解，有的认为是企业的净资产，有的认为是不包含负债的企业全部资产。《管理办法》明确规定，“实质经营性资产”是指企业用于从事生产经营活动、与产生经营收入直接相关的资产，包括经营所用各类资产、企业拥有的商业信息和技术、经营活动产生的应收款项、投资资产等。
资产收购的特殊性税务处理内容如下：（1）转让企业取得受让企业股权的计税基础，以被转让资产的原有计税基础确定；（2）受让企业取得转让企业资产的计税基础，以被转让资产的原有计税基础确定。（3）收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。
重组交易各方对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
2、境外资产收购
境外（境内与境外之间，包括港澳台）资产收购的特殊情况：A、非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权，没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，且转让方非居民企业向主管税务机关书面承诺在3年（含3年）内不转让其拥有受让方非居民企业的股权；B、非居民企业向与其具有100%直接控股关系的居民企业转让其拥有的另一居民企业股权；C、居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股的非居民企业进行投资；同时还需符合下列条件，才能适用特殊性税务处理规定：（1）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；（2）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动；（3）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
境外资产收购的特殊性税务处理内容如下：（1）转让企业取得受让企业股权的计税基础，以被转让资产的原有计税基础确定；（2）受让企业取得转让企业资产的计税基础，以被转让资产的原有计税基础确定。（3）收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。（4）居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股关系的非居民企业进行投资，其资产或股权转让收益如选择特殊性税务处理，可以在10个纳税年度内均匀计入各年度应纳税所得额。
重组交易各方对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
企业发生符合59号通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业应准备以下资料：（1）当事方的资产收购业务总体情况说明，情况说明中应包括资产收购的商业目的；（2）当事各方所签订的资产收购业务合同或协议；（3）评估机构出具的资产收购所体现的资产评估报告；（4）受让企业股权的计税基础的有效凭证；（5）证明重组符合特殊性税务处理条件的资料，包括资产收购比例，支付对价情况，以及12个月内不改变资产原来的实质性经营活动、原主要股东不转让所取得股权的承诺书等；（6）工商部门核准相关企业股权变更事项证明材料；（7）税务机关要求提供的其他材料证明。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。
四、合并的特殊性税务处理
59文所说的“合并”，是指一家或多家企业（以下称为被合并企业）将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业（以下称为合并企业），被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以上企业的依法合并。即分为吸收合并和新设合并两种方式。
根据实务中出现的企业合并的特点，企业合并会计准则中将企业合并按照一定的标准划分为两大基本类型——同一控制下的企业合并与非同一控制下的企业合并。
1、同一控制下的企业合并：同一控制下的企业合并，是指参与合并的企业在合并前后均受同一方或相同的多方最终控制且该控制并非暂时性的。企业之间的合并是否属于同一控制下的企业合并，应综合构成企业合并交易的各方面情况，按照实质重于形式的原则进行判断。通常情况下，同一控制下的企业合并是指发生在同一企业集团内部企业之间的合并。除此之外，一般不作为同一控制下的企业合并。
2、非同一控制下的企业合并：非同一控制下的企业合并，是指参与合并各方在合并前后不受同一方或相同的多方最终控制的合并交易，即除判断属于同一控制下企业合并的情况以外其他的企业合并。
企业合并适用特殊性税务处理的特殊情况：A、企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%；B、同一控制下且不需要支付对价的企业合并，同时符合下列条件，适用特殊性税务处理规定：（1）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；（2）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动；（3）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。59号文规定同国家税务总局2000年发布的《关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》相比，将免税优惠的条件由“非股权支付额占所支付的股权票面价值（或支付的股本的账面价值）比例不高于20%”修改为“股权支付额不低于其交易支付总额的85%”。同一控制下且不需要支付对价的企业合并。同一控制下的企业合并，是指参与合并的企业在合并前后均受同一方或相同的多方最终控制且该控制并非暂时性的。从最终控制方的角度，该项交易仅是其原本已经控制的资产、负债空间位置的转移，原则上不应影响所涉及资产、负债的计价基础变化。因此，该条规定同一控制下且无需支付对价的企业合并可适用特殊性税务处理。
企业合并的特殊性税务处理内容如下：（1）合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定；（2）被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继；（3）可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率；（4）被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。
重组交易各方对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）。
企业发生符合59号通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业应准备以下资料：（1）当事方企业合并的总体情况说明。情况说明中应包括企业合并的商业目的；（2）企业合并的政府主管部门的批准文件；（3）企业合并各方当事人的股权关系说明；（4）被合并企业的净资产、各单项资产和负债及其账面价值和计税基础等相关资料；（5）证明重组符合特殊性税务处理条件的资料，包括合并前企业各股东取得股权支付比例情况、以及12个月内不改变资产原来的实质性经营活动、原主要股东不转让所取得股权的承诺书等；（6）工商部门核准相关企业股权变更事项证明材料；（7）主管税务机关要求提供的其他资料证明。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。
五、分立的特殊性税务处理
分立可以采取存续分立和新设分立两种形式。存续分立是指被分立企业存续，而其一部分分出设立为一个或数个新的企业。新设分立是指被分立企业解散，分立出的各方分别设立为新的企业。
企业分立适用特殊性税务处理的特殊情况是：被分立企业所有股东按原持股比例取得分立企业的股权，分立企业和被分立企业均不改变原来的实质经营活动，且被分立企业股东在该企业分立发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，而且该分立同时符合下列条件，适用特殊性税务处理规定：（1）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。（2）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。（3）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
分立的特殊性税务处理内容如下：（1）分立企业接受被分立企业资产和负债的计税基础，以被分立企业的原有计税基础确定；（2）被分立企业已分立出去资产相应的所得税事项由分立企业承继；（3）被分立企业未超过法定弥补期限的亏损额可按分立资产占全部资产的比例进行分配，由分立企业继续弥补；（4）被分立企业的股东取得分立企业的股权（“新股”），如需部分或全部放弃原持有的被分立企业的股权（“旧股”），“新股”的计税基础应以放弃“旧股”的计税基础确定。如不需放弃“旧股”，则其取得“新股”的计税基础可从以下两种方法中选择确定：直接将“新股”的计税基础确定为零；或者以被分立企业分立出去的净资产占被分立企业全部净资产的比例先调减原持有的“旧股”的计税基础，再将调减的计税基础平均分配到“新股”上。59号文对免税分立重组的税务处理规定同《关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》（国税发[2000]119号）大致相同，区别在于根据119号，分立企业接受被分立企业的全部资产和负债的成本，以被分立企业的账面净值为基础结转确定，而59号文则规定，分立企业接受被分立企业资产和负债的计税基础，以被分立企业的原有计税基础确定。
企业发生符合59号通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业应准备以下资料：（1）当事方企业分立的总体情况说明。情况说明中应包括企业分立的商业目的；（2）企业分立的政府主管部门的批准文件；（3）被分立企业的净资产、各单项资产和负债账面价值和计税基础等相关资料；（4）证明重组符合特殊性税务处理条件的资料，包括分立后企业各股东取得股权支付比例情况、以及12个月内不改变资产原来的实质性经营活动、原主要股东不转让所取得股权的承诺书等；（5）工商部门认定的分立和被分立企业股东股权比例证明材料；分立后，分立和被分立企业工商营业执照复印件；分立和被分立企业分立业务账务处理复印件；（6）税务机关要求提供的其他资料证明。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。
关于企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动，管理办法规定当事各方应在完成重组业务后的下一年度的企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面情况说明，以证明企业在重组后的连续12个月内，有关符合特殊性税务处理的条件未发生改变。当事方的其中一方在规定时间内发生生产经营业务、公司性质、资产或股权结构等情况变化，致使重组业务不再符合特殊性税务处理条件的,发生变化的当事方应在情况发生变化的30天内书面通知其他所有当事方。主导方在接到通知后30日内将有关变化通知其主管税务机关。上款所述情况发生变化后60日内，应按规定调整重组业务的税务处理。原交易各方应各自按原交易完成时资产和负债的公允价值计算重组业务的收益或损失，调整交易完成纳税年度的应纳税所得额及相应的资产和负债的计税基础，并向各自主管税务机关申请调整交易完成纳税年度的企业所得税年度申报表。若同一项重组业务涉及在连续12个月内分步交易，且跨两个纳税年度，当事各方在第一步交易完成时预计整个交易可以符合特殊性税务处理条件，可以协商一致选择特殊性税务处理的，可在第一步交易完成后，适用特殊性税务处理。主管税务机关在审核有关资料后，符合条件的，可以暂认可适用特殊性税务处理。第二年进行下一步交易后，应按本办法要求，准备相关资料确认适用特殊性税务处理。上述跨年度分步交易，若当事方在首个纳税年度不能预计整个交易是否符合特殊性税务处理条件，应适用一般性税务处理。在下一纳税年度全部交易完成后，适用特殊性税务处理的，可以调整上一纳税年度的企业所得税年度申报表，涉及多缴税款的，各主管税务机关应退税，或抵缴当年应纳税款。
